Клуб «Сіналоа» засновано 18 квітня1916 року групою молодих людей на чолі з Рефуджіо «Ель-Вакеро» Мартінесом в Мехіко. Потім команда називалася «Лузітанія» та «Ю-53» (на честь підводного човна, який брав участь у Першій світовій війні). З 1920 року грає під сучасною назвою. В чемпіонаті Мексики бере участь із сезону 1927/28. На першому чемпіонаті світу в Уругваї, у складі збірної Мексики, брало участь шість футболістів «Атланте». В сезоні 1931/32 було здобуто перший чемпіонський титул, в додаткових матчах за перше місце перемога над «Некаксою». Через дев'ять років клуб виграв другий чемпіонський трофей, а наступного року — кубок та суперкубок.
Перший титул в професіональній лізі здобуто під керівництвом угорського фахівця Луїса Гроца. Лідером того складу був Орасіо Касарін, один із найкращих гравців в історії мексиканського футболу.
1978 року команда стала власністю мексиканського інституту державного страхування, який виділяв на клуб значні кошти. До «Атланте» з УНАМа перейшов Кабіньо, який тричі ставав найкращим бомбардиром чемпіонату. Перший фінальному поєдинку кубка чемпіонів1983 року з суринамським «Робін Гудом» закінчився внічию (1:1). У матчі-відповіді гравці «Атланте» забили п'ять голів і здобули перший міжнародний трофей. В кінці 1980-х фінансовий стан клубу погіршився, вдруге в своїй історії понизився у класі (вперше вилетів з Прімери 1976 року).
Перед початком сезону 2012/13 «Атланте» — третя за кількістю проведених сезонів у вищому дивізіоні (85 сезонів; у «Америки» і «Гвадалахари» — по 87).[1]